В 2004 году Указом Президента Российской Федерации от 9 марта 2004г. № 314 «О системе и структуре федеральных органов исполнительной власти» была организована Федеральная служба по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека (Роспотребнадзор). Западно-Сибирский филиал ФГУЗ «Федеральный центр гигиены и эпидемиологии по железнодорожному транспорту» был создан в 2005 году, на базе Западно-Сибирского дорожного центра госсанэпиднадзора Министерства путей сообщении Российской Федерации.

        Правовые основы деятельности установлены федеральными законами «О санитарно-эпидемиологическом благополучии населения», «О защите прав потребителей», «О техническом регулировании; «О защите прав юридических лиц и индивидуальных предпринимателей при проведении государственного контроля (надзора); положениями о Федеральной службе по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека, утвержденными Постановлениями Правительства Российской Федерации, распоряжениями, указаниями, главного государственного санитарного врача Российской Федерации, главного государственного санитарного врача по железнодорожному транспорту и другими инструктивно-методические материалами.

        В настоящее время в Западно-Сибирском филиале работает 20 врачей, 12 из них имеют высшую квалификационную категорию, 60 средних медицинских работников. Все специалисты имеют сертификаты.

        В составе филиала организованы санитарный отдел, эпидемиологический отдел, радиологический отдел, отдел санитарно-эпидемиологической экспертизы, санитарно-экспертный пункт, отдел профилактической дезинфекции, 3 лаборатории. Филиал обеспечивает деятельность Западно-Сибирского территориального отдела по обеспечению санитарно-эпидемиологического благополучия на Западно-Сибирской железной дороге, в том числе как испытательный лабораторный центр.

        Испытательный лабораторный центр имеет аттестат аккредитации Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека о соответвии требованиям Системы аккредитации лабораторий, осуществляющих санитарно-эпидемиологические исследования, испытания, национального стандарта ГОСТ Р ИСО/МЭК 17025-2000, аттестат аккредитации Министерства труда и социального развития РФ в системе сертификации работ по охране труда.

        Лаборатории испытательного центра оснащены современным оборудованием, способным осуществлять бактериологические, паразитологические, химические исследования и замеры физических факторов окружающей среды.